Covid-19 en France : nouveau variant, hausse des consultations, forte transmissibilité… Doit-on craindre une reprise de l’épidémie ?

Les mêmes causes produisent les mêmes effets. Plus d’un millier de cas de suspicion de Covid-19 apparaissent chaque semaine en France en juin 2024. Loin de se résorber, le virus circule donc toujours activement, boosté par l’apparition du nouveau sous-variant KP-2. Pour autant, il n’est pas encore possible de prévoir s’il s’agit d’un véritable rebond épidémique, ou simplement d’un soubresaut.

Mi-juin, les services de médecine générale ont enregistré une hausse moyenne de 19 % de consultations – soit 1 440 passages – pour suspicion de Covid-19 par rapport à la semaine précédente, relate Santé Publique France dans son dernier bulletin hebdomadaire. L’augmentation se poursuit donc, mais de façon moins marquée en comparaison avec les relevés antérieurs. Les personnes âgées de plus de 75 ans constituent, à elles seules, 47 % de la population présentant des signes d’infection respiratoire aiguë.

Un second indicateur permet d’observer l’activité du virus : l’analyse microbiologique des eaux usées en France. Une mission assurée par Sum’eau, un dispositif national de surveillance réseau des eaux usées gouvernemental. L’organisme assure une surveillance hebdomadaire des résidus présents dans les canalisations des douze métropoles : Dijon, Grenoble, Lille, Marseille, Nancy, Orléans, Paris, Pau, Rennes, Rouen et Toulouse. Les résultats publiés le 19 juin révèlent une concentration particulièrement accrue du virus à Toulouse (Haute-Garonne) et Lescar (Pyrénées-Atlantiques). Le Sars-Cov2 se propage également à Paris et Nantes, mais dans une moindre mesure.

Si le variant Omicron (également appelé JN1) qui était présent durant tout l’hiver reste encore majoritaire sur notre territoire, c’est désormais la mutation KP2 dite "FLiRT" qui suscite l’intérêt des autorités sanitaires. Un nom poétique pour ce sous-variant qui représente désormais 24 % des infections liées au coronavirus en France, selon l’analyse publiée le 10 juin par Santé publique France et le Centre national de référence (CNR) des infections respiratoires. Le variant se transmet plus facilement, mais ne provoque pas une forme plus sévère de la maladie. Les symptômes déclarés par les patients évoquent un état grippal similaire à celui des précédents variants : fièvre, fatigue, maux de gorge, toux modérée et courbatures.

Une hausse prévisible
Ce nouveau rebond était prévisible selon les experts. D’une part, la couverture vaccinale est moins importante, augmentant de fait une baisse de l’immunité face aux nouveaux sous-variants du virus. "Depuis le début de la pandémie, les vagues se produisent environ tous les quatre mois, essentiellement sous l’effet d’une baisse d’immunité populationnelle", expliquait en décembre 2023 l’infectiologue Xavier Lescure, membre du Covars (comité de veille et d’anticipation des risques sanitaires), au Parisien.

La météo printanière maussade a pu aussi jouer un rôle dans la propagation de la maladie qui n’a pas ralenti depuis l’hiver : "On reste davantage à l’intérieur, là où les virus respiratoires se transmettent plus facilement", explique le virologue Steven Van Gucht au quotidien L’Avenir.

Enfin, la transmission a été facilitée par des rassemblements massifs dans des lieux clos ces dernières semaines. Ainsi, les concerts géants organisés par la chanteuse Taylor Swift un peu partout en Europe au mois de mai ont vu fleurir des clusters après son passage.

Avec les prochains grands événements à venir : l’Euro de football, les Jeux Olympiques, mais également les grands départs en vacances, les populations vont nécessairement se croiser sur les sites de grande affluence, et donc potentiellement, rendre le virus un peu plus actif.