Sept mois après son arrivée au pouvoir, en janvier 1983, le dictateur avait créé une police politique, la Direction de la documentation et de la sécurité (DDS). Selon une commission nationale d’enquête, celle-ci est responsable de plus de 40 000 morts.
Il comparaît aujourd’hui pour crimes de guerre, crimes contre l’humanité et torture. Les crimes de guerre sont des violations graves du droit international des conflits, régi par la Convention de Genève. Le crime contre l’humanité caractérise les actes inhumains appliqués à l’échelle d’un groupe de personnes, dans le cadre d’une attaque généralisée ou systématique.
En 1990, Hissène Habré est renversé par Idriss Déby, l’actuel président du Tchad. Il trouve alors refuge à Dakar, au Sénégal. Vingt-cinq ans plus tard, les victimes espèrent enfin le voir condamné pour ses crimes.
En 2000, une première plainte est déposée au Sénégal contre l’ancien président tchadien, en vertu du principe de compétence universelle. Ce dernier prévoit que tout Etat peut poursuivre les auteurs de crimes de masse, quel que soit le lieu où ils ont été commis. Mais après qu’un magistrat local a prononcé l’inculpation, la justice sénégalaise se déclare incompétente pour juger Hissène Habré. C’est le début d’une longue saga judiciaire.
En 2001, des chercheurs de Human Rights Watch mettent la main sur des archives de la DDS, la police politique du régime. Procès-verbaux, interrogatoires, listes de prisonniers, certificats de décès… Ces documents attestent de la répression politique, directement placée sous l’autorité du chef de l’Etat.
Les victimes se tournent alors vers la justice belge qui lance un mandat d’arrêt international en 2005 et demande l’extradition d’Hissène Habré pour « violations graves du droit humanitaire ». Celle-ci sera plusieurs fois refusée par la justice sénégalaise.
Sous la pression internationale et suite à une demande de l’Union africaine, le Sénégal accepte finalement d’ouvrir un procès après l’élection de Macky Sall en 2012. Un tribunal spécial est créé dans l’enceinte du palais de justice de Dakar : les Chambres Africaines Extraordinaires. Cette juridiction spéciale est la seule habilitée à juger l’ancien dictateur car elle permet de contourner le principe de non-rétroactivité. Les chambres comprennent des juges africains et appliquent le droit pénal international.